El Museo del Canal Interoceánico de Panamá es una institución permanente sin fines de lucro al servicio de la sociedad y de su desarrollo.

Mediante Resolución del Ministerio de Gobierno y Justicia N° 209-P5-93 de 29 de abril de 1996 se concede la Personería Jurídica del Patronato del Museo del Canal Interoceánico de Panamá, con el propósito de crear un museo dedicado al tema del Canal de Panamá. Gracias a la ayuda del gobierno nacional y a la colaboración de instituciones públicas, privadas, delegaciones diplomáticas, de la Comunidad Europea, de un prestigioso grupo de especialistas y el decidido apoyo de la entonces Comisión del Canal de Panamá, el Patronato, logra cumplir su objetivo principal al lograr que el Museo del Canal abriera sus puertas el 9 de septiembre de 1997 con motivo del Congreso Universal del Canal.

El Museo es miembro activo del International Council of Museum (ICOM), de la American Alliance of Museums (AAM) y fue la primera institución no estadounidense afiliada al Smithsonian Institution.